瓦剌,后来被称为“卫拉特”,也叫“漠西蒙古”,他分为四部分,分别是:和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特。其中,土尔扈特因为与和硕特有矛盾,曾经率部出走到伏尔加河。后在乾隆年间东归,被安置在新疆和外蒙。鞑靼,后来分成了“漠南蒙古”和“漠北蒙古”两部分。漠南蒙古,包括科尔沁,察哈尔,土默特,乌拉特等部,其中,察哈尔部是忽必烈黄金家族的传人,手握传国玉玺。漠北蒙古,包括车臣汗、土谢图汗、三音诺颜、札萨克图四部分。蒙古的第三十五任大汗,林丹汗,就是察哈尔部的首领,但是,他这个大汗是有名无实,根本指挥不动其他部落,因为在与明朝的贸易中和科尔沁争夺利益,因此,科尔沁首先选择投靠后金,以对抗林丹。
对于科尔沁的投靠,后金是大大的欢迎,双方娶妻嫁女,是一片祥和,在清朝初期,科尔沁女人一度霸占了大清的后宫,著名的孝庄太后,就是科尔沁大草原的美女。
林丹选择了投靠大明,与后金作对,为了给亲家撑场子,皇太极三征察哈尔,最终林丹死在了青海,他的八个老婆带着孩子,传国玉玺投靠了皇太极。皇太极和他的兄弟儿子们一起瓜分了这八个女人。得到传国玉玺的皇太极,改后金为“清”,正式登基为“大清皇帝”。至此,皇太极搞定了整个漠南蒙古。漠西蒙古和漠北蒙古,看到皇太极这么生猛,也主动称臣纳贡,但是,他们之间的关系非常的淡,仅仅是一种表面的称臣,独立性很大。皇太极费这么大劲儿搞定蒙古,可不单单是为亲家撑场这么简单,因为当时他们急于向关内发展,但是被山海关阻隔,又有袁崇焕的关宁防线,始终无法突破,因此,皇太极才打算借道蒙古南下,绕过山海关。别说,还真让他做到了,1629年,皇太极从蒙古借道,绕过山海关,从喜峰口南下,一直打到了北京城下。这下打了袁崇焕一个措手不及,赶紧带人回援,在城外和皇太极恶战一场。最后袁崇焕虽然把皇太极打跑了,但是却让崇祯颇为恼火,让你防后金,结果人家都打到了家门口,要不是北京城墙够高够厚,说不定都打进来了。皇太极这一闹,虽然没有打进北京,但是却让崇祯杀了袁崇焕。1676年,漠西蒙古准葛尔部的“噶尔丹”,统一了漠西蒙古各部,建立“准葛尔汗国”,算是脱离了大清,自立为王。不但如此,他还四面出击,攻打漠北蒙古的三部。漠北蒙古再次向大清求救,条件就是彻底当大清的“藩属”,康雍乾三朝出兵搞定了准葛尔,把漠西蒙古纳入大清版图,乾隆给这块地方取名叫“新疆”,寓意着“新收纳的疆域”。至此,蒙古已经全部纳入大清的版图,成为大清的一部分。
但是,对于这些蒙古部落,大清给的待遇可是不一样的,同样是蒙古人,有的是内属蒙古,有的是外藩蒙古。所谓内属蒙古,就是大清直接派副都统过来管理,比照大清的子民,设置八旗,也就是我们俗称的“蒙八旗”,算是大清的亲儿子。