1864年，清军攻下天京，太平天国运动失败。清朝兴起了洋务运动，开始了近代化的尝试。然而，这个古老的国度并不平静。就在清军平定太平军的同期，另一股势力从中亚渗透进来，窃据了新疆地区。
新疆在汉朝时称西域都护府，唐朝时又叫安西都护府。1759年，乾隆平定西北叛乱后，以“新附旧疆”之意，将这块160多万平方公里的地区命名为新疆。
不过，清军在新疆驻扎的兵力只有区区1.5万人，到1866年前后，因兵力空虚，西北大部分地区都落到了一个名叫阿古柏的人手中。这个阿古柏并不是中国人，他出生在中亚，原名穆罕默德·雅霍甫。
在英俄的支持下，阿古柏自称“毕条勒特汗”，宣布建国。由于清朝此时还无暇西顾，阿古柏窃取新疆长达十余年。直到1873年，清朝才开始商议是否出兵西北。
当时的清朝正面临数千年未有之变局，除了西北的阿古柏，东部还面临着从海上来的强敌。在财政拮据的情况下，清朝内部倾向于将有限的经费用于海防建设。
